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Stage biodiversité : différences fonctionnelles et phylogénétiques entre communautés

Le CNRS de Montpellier propose un Master 2 (6 mois maximum se déroulant au Muséum national d’Histoire naturelle de Paris) ayant pour sujet : Méthodes de quantification de la structure spatiale des différences fonctionnelles et phylogénétiques entre communautés

Offre de stage biodiversité

Peu de recherches se sont intéressées aux liens entre composition phylogénétique et/ou fonctionnelle et distance géographique entre sites. Le stage aura pour objectif de comparer les indices de dissimilarités phylogénétiques et fonctionnelles disponibles dans la littérature dans leur capacité à détecter les effets de processus écologiques, historiques et/ou évolutifs sur la structuration spatiale de la biodiversité.

Nom de l’encadrant : Sandrine Pavoine (maître de conférences HDR, UMR 7204 CESCO, MNHN, Paris)
Collaborateur : Raphaël Pélissier (directeur de recherche IRD, UMR AMAP, Montpellier)

Lieu du stage : Muséum national d’Histoire naturelle, UMR 7204 Centre d’Ecologie et de Sciences de la Conservation, 55-61 rue Buffon, 75005 PARIS.

Contexte scientifique

La structuration des communautés change avec la distance géographique (Fortin & Dale, 2005). On suppose alors que la similarité dans la composition en espèces entre sites diminue avec leur éloignement géographique (‘distance-decay similarity principle’). Bien que de nombreuses études aient été menées sur ce principe, peu de recherches se sont intéressées aux liens entre distances spatiales et dissimilarités phylogénétiques (liées à l’histoire évolutive des espèces) et fonctionnelles (liées aux traits associés à la capacité qu’ont les espèces à acquérir des ressources, à disperser, à se reproduire, à faire face à des pertes, et plus généralement à persister) (e.g. Pavoine 2005, Bryant et al. 2008, Morlon et al. 2011). L’étude de ces liens pourrait permettre de mieux appréhender la structure de la biodiversité, grâce à l’ajout d’informations (phylogénétiques et fonctionnelles) sur les espèces (Pavoine & Bonsall 2011). Selon l’échelle géographique, cela permettrait de détecter des gradients liés à l’environnement, à l’histoire d’un clade (capacités de dispersion, colonisation, ordre d’arrivée des espèces dans un site), à l’évolution (diversification, spéciation, extinction). L’analyse de la courbe distance géographique/dissimilarité fonctionnelle ou phylogénétique pourrait également permettre d’améliorer les méthodes d’interpolation spatiale de la diversité (Suntov 2014). Des premières études ont défini un cadre méthodologique pour l’analyse de la courbe distance géographique/dissimilarité spécifique, fonctionnelle ou phylogénétique (Couteron & Pélissier 2004, Pavoine 2005) ; mais ce cadre statistique dépend du choix d’un indice de dissimilarité entre communautés. C’est sur l’étape critique de ce choix que porte le stage.

Objectifs du stage

De nombreux indices de dissimilarité fonctionnelle ou phylogénétique entre sites ou de diversité beta (=diversité inter-sites) ont été proposés, surtout au cours des dix dernières années (e.g. Lozupone & Knight 2005, Nipperess et al. 2010, Pavoine & Ricotta 2014, Ricotta et al. 2014). Le choix de l’indice peut-être important ; il a été montré, par exemple, que les indices de diversité diffèrent dans leur capacité à détecter des processus écologiques (Kraft et al. 2007, Mason et al. 2013). Une évaluation des indices de dissimilarité ou diversité beta (fonctionnelle ou phylogénétique), de leurs propriétés et de leur capacité à refléter les mécanismes qui structurent les communautés est actuellement manquante. A travers cette étude comparative, on cherchera quels indices ont les propriétés suffisantes pour permettre de relier la forme de la relation entre la dissimilarité biologique (fonctionnelle ou phylogénétique) et la distance spatiale entre deux sites à des mécanismes écologiques, évolutifs, historiques qui structurent la biodiversité.

Gratification de stage

Financement par le GDR « Ecologie Statistique » (436 € x 6 mois = 2616 euros).
L’organisme d’accueil est le CNRS – Délégation Languedoc-Roussillon, 1919 route de Mende, 34293 Montpellier cedex 5 mais le stage se déroulera à Paris comme indiqué ci-dessus.
Le stage devra avoir lieu en 2015 (dates flexibles selon disponibilités du candidat).

Profil

Étudiant en Master 2 écologie, connaissances de base en statistiques et bonnes connaissances de l’environnement R  indispensables.
Poursuite en thèse possible sous réserve de financement.

Recrutement clos.

CANDIDATS : pour tous renseignements sur une formation ou annonce de recrutement publiée sur ce site, contacter directement l'établissement ou l'organisme mentionné, Orientation Environnement ne gérant pas les candidatures.

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