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Stage étude des suidés sauvages et domestiques en Corse

RECRUTEMENT CLOS

Offre de stage de césure – 6 mois :
Contacts et transmission de pathogènes entre suidés sauvages et domestiques en Corse
Suivi et cartographie des contacts

Sujet proposé conjointement par INRA Laboratoire de Recherches sur le Développement de l’Elevage LRDE – Corte et le CIRAD Animal et Gestion Intégrée des Risques AGIRs – Montpellier.
Laboratoire d’accueil : INRA LRDE de Corté (Corse)

Orientations de recherche :

Les maladies animales émergentes ou ré-émergentes sont en constante progression, et présentent des risques sérieux pour les sociétés humaines du Sud et du Nord. L’actuelle « crise » des maladies émergentes, dont plus de 60% est de source animale, et dont près des trois quarts concerne des espèces sauvages, souligne l’importance d’appréhender au mieux les risques transmission intra- et inter-espèces. La compréhension de ces risques est au croisement de questions de recherche en épidémiologie, écologie, zootechnie et sciences humaines et sociales.

Pour faire face aux risques que représentent les maladies émergentes, l’UPR AGIRs (CIRAD) contribue à identifier et évaluer les risques sanitaires liés à l’animal et pouvant pénaliser la santé publique et vétérinaire. Elle cherche à quantifier les facteurs et les mécanismes régissant les risques épidémiologiques portés ou subis par l’animal. Elle promeut une approche intégrée des risques liés à l’animal au sein et aux interfaces des systèmes « Homme-Animal » par la recherche de leurs déterminants partagés liés à la mobilité, aux milieux et aux marchés (« One Health »). Elle conçoit et expérimente des outils intégrés pour surveiller, prévenir et limiter leurs causes et/ou leurs conséquences.
Ces préoccupations rencontrent celles du LRDE INRA de Corte qui développe, au sein de son projet intitulé « Des dynamiques pastorales à la construction d’un pastoralisme durable », un axe sur la Gestion collective de la santé animale. Cet axe se focalise sur l’émergence de maladies d’élevage et de zoonoses afin de comprendre les relations entre systèmes socio-techniques et systèmes agro-écologiques qui fondent ou accompagnent leur mode d’existence. L’objectif est de contribuer à l’analyse des composantes de la détection de ces maladies, et de produire des connaissances pour la gestion des risques collectifs qu’elles induisent en fournissant une aide à la décision.

Contexte et problématique :

En système pastoral, les espèces domestiques et sauvages partagent le même espace et les mêmes ressources, ce qui génère des risques d’inter-transmission d’agents pathogènes. En Corse, l’élevage de porcs est basé sur un système sylvo-pastoral traditionnel (i.e. élevage plein-air en libre parcours). Il mobilise donc les ressources naturelles, et implique des pratiques de transhumance estivale. Parallèlement, la déprise agricole des dernières décennies a entrainé une augmentation notoire de populations de sangliers, lesquelles font aujourd’hui l’objet d’une chasse intensive et culturellement très ancrée en milieu rural (8 à 10% de la population corse pratique la chasse). On estime ainsi qu’environ 40000 sangliers sont aujourd’hui abattus annuellement en Corse par 200 à 250 équipes de chasse.

Or en système pastoral, les espèces domestiques et sauvages partagent le même espace et les mêmes ressources, ce qui génère des risques d’inter-transmission d’agents pathogènes. Ce risque est d’autant plus élevé que les espèces sont taxonomiquement proches, ce qui est le cas du sanglier et du porc domestique. Le sanglier est potentiellement porteur de plusieurs maladies infectieuses ou parasitaires d’importance majeure sur le plan économique telles que la peste porcine (classique ou africaine), la maladie d’Aujeszky, ou sur le plan de la santé publique avec des zoonoses telles que la brucellose, la trichinellose, la toxoplasmose et la tuberculose. Certaines de ces maladies sont présentes en Corse et d’autres telle que la peste porcine africaine présentent un risque d’émergence d’autant plus fort qu’il existe une proximité géographique de foyers réguliers (Sardaigne). Ce système de production implique des interactions fortes entre compartim ents sauvage et domestique et constitue donc un modèle de choix pour comprendre la dynamique des maladies émergentes et évaluer les facteurs de risque associés.

Ce stage de Césure s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche européen (FP7, KBBE, 2013-15) visant notamment à appréhender l’écologie des contacts entre suidés sauvages et domestiques afin de mieux comprendre les risques de transmission de maladie et leur diffusion. La problématique du stage porte principalement sur le suivi des contacts entre suidés sauvages et domestiques, et la cartographie de zones potentiellement à risque.

Objectifs du stage :

Ce stage fait suite au déploiement d’un protocole de suivi des contacts par colliers GPS sur sangliers et porcs domestiques. La phase de capture-pose des colliers sur sangliers est en cours de réalisation à l’été 2013. Le stagiaire participera à la pose des colliers sur les porcs d’une exploitation située sur la zone de suivi des sangliers, et au suivi opérationnel des animaux : collecte et exploitation des données sous SIG, pose éventuelle de colliers sur de nouveaux sangliers capturés,… L’exploitation des données sous SIG a pour objectif de spatialiser, qualifier et quantifier les contacts entre les animaux : lieux de contact, type, fréquence, durée de contact, etc. Aussi, les variables explicatives potentielles (couvert végétal, présence de points d’eau, ressources alimentaires et pratiques « à risques » étudiées lors d’un travail réalisé au premier semestre 2013) seront intégrées dans l’analyse et testées par l’étudiant pour, in fine, définir des zones potentiellement à risque. L’influence de l’activité de chasse sur les mouvements des animaux sera également intégrée dans l’analyse. Sur la zone d’étude, l’objectif sera de cartographier et caractériser les zones de battue pour un suivi dans le temps de l’activité de chasse.

Enfin, le stagiaire participera, en appui à une mission de post-doctorant, à une enquête sur les déplacements et les contacts entre suidés à l’échelle du territoire. L’objectif de ce travail est de qualifier et quantifier les interactions entre suidés à l’échelle du territoire. Le stagiaire sera impliqué dans cette phase du projet pour une durée de 1 mois de travail d’enquête et 15 jours à 1 mois de travail d’analyse des données).

Méthodes

Le travail consistera en grande partie à l’intégration et l’analyse de données sous SIG (ArcGis). Ces données seront issues des relevés de géolocalisation des animaux, mais les données concernant les variables explicatives potentielles seront construites sur la base de cartes de végétation, cartes topographiques et dires d’experts. Les tâches sont résumées ainsi :
– Construction d’un fond de carte caractérisant le territoire selon de variables potentiellement explicatives des variables de contact : ressources végétales, points d’eau,…
– Intégration des données GPS et analyse des déplacements des animaux et test des variables explicatives
– Cartographie des postes de chasse, et suivi des battues conduite pendant la période d’étude, à partir d’enquêtes auprès des responsables de chasse sur la zone. Identification et test des variables « chasse ».
– Comparaison des variables caractérisant les contacts observés avec les variables caractérisant les contacts obtenus par étude des pratiques et représentations des éleveurs et des chasseurs
– Enquêtes auprès d’éleveurs de porcs sur l’ensemble du territoire Corse

Résultats attendus

– Cartographie des risques de contact entre porcs et sangliers en Corse.
– Estimation de l’occurrence, la fréquence, la durée et les circonstances des contacts entre porcs et sangliers.
– Ebauche d’un modèle explicatif des interactions entre animaux

Conditions de réalisation

Le stage se déroule au Laboratoire de Recherches sur le Développement de l’Elevage à Corte (Haute-Corse). Début de stage souhaité en septembre 2013. Les déplacements la zone de suivi des contacts sont à prévoir. Les opérations sur le terrain sont supervisées par un écologue, un vétérinaire et un zootechnicien.
Le stagiaire est placé sous l’encadrement de Daniel CORNELIS (CIRAD), Anne RELUN (CIRAD), François CASABIANCA et de François CHARRIER (INRA), avec l’aide d’Oscar MAESTRINI (INRA) et Sébastien GRECH-ANGELLINI (INRA).
Rémunération selon conditions CIRAD. Permis B et véhicule personnel exigés.
Indemnité : 435 €/mois
Durée : 6 mois

Contacts pour candidature

Structure d’accueil : CIRAD, Campus de Baillarguet
Envoyer CV et Lettre de motivation avant le 20/08/2013

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