L’UMR EDYSAN recrute
Stage de recherche Master 2 : Une approche de génétique du paysage pour identifier les préférences d’habitat de l’escargot de Corse Tyrrhenaria ceratina et affiner les actions de conservation en faveur de sa protection
Limite de candidature : 15 Janvier 2022
Stage basé à Amiens (80)
Contexte du stage
Structures d’accueil :
• EDYSAN UMR CNRS 7058,
• Université Picardie Jules Verne ;
• Conservatoire du littoral, Délégation Corse ;
• DREAL de Corse.
Résumé.
Ce stage s’inscrit dans le cadre du plan national d’actions (PNA [1-4]) en faveur de l’escargot endémique de Corse Tyrrhenaria ceratina, espèce actuellement représentée par la seule population relictuelle et menacée de Campo dell’Oro (région d’Ajaccio). Ce PNA vise à promouvoir des actions favorisant :
- la protection in situ de cette population unique dont l’aire de répartition est inférieure à deux hectares,
- la restauration de son habitat,
- le renforcement de la population naturelle via la translocation de populations vers des sites récepteurs appropriés.
L’approche de génétique du paysage proposée fait suite à l’analyse génétique de la métapopulation réalisée par Camus (2021) [5]. Cette approche repose sur la signature que laissent les changements environnementaux et/ou démographiques sur la diversité et la structure génétique de la métapopulation. Les données empiriques recueillies, qu’elles soient moléculaires (génotypes, séquences) ou environnementales (facteurs abiotiques, métriques paysagères), auront pour objectif :
– d’affiner la structure de la métapopulation évoluant en trois groupes génétiques distincts ;
– d’inférer l’histoire démographique et phylogéographique de la métapopulation ;
– de mettre en évidence les mécanismes sous-jacents (forces évolutives) responsables des divergences génétiques observées ;
– d’identifier les variables environnementales qui façonnent la dynamique de la métapopulation et favorisent les échanges de gènes entre les trois groupes génétiques identifiés. Des métriques décrivant les attributs du paysage significatifs pour l’espèce seront utilisées pour estimer l’influence de la perméabilité de la matrice sur le mouvement des individus. Les connectivité structurelle (couloir de migration) et fonctionnelle (flux de gènes) seront comparées pour évaluer les effets anthropiques via la fragmentation de l’habitat sur la métapopulation de Campo dell’Oro. Cette étape permettra de tracer les corridors nécessaires au maintien/rétablissement de la métapopulation. Elle nous permettra en outre de définir plus précisément la niche écologique (fondamentale) de l’espèce, une information clé pour la sélection de sites de translocation appropriés.
Méthodologie
Un échantillon d’environ 250 individus (mucus) précédemment collectés dans 5 sites de Campo dell’Oro sera analysé à l’aide de séquences (gènes mitochondriaux et nucléaires) et de génotypes microsatellites multilocus (15 loci). L’extraction d’ADN et les PCR seront réalisées à Amiens tandis que le séquençage et le génotypage seront effectués à Rennes (Coll S. Dreano, IGDR, Univ. Rennes 1).
La connectivité fonctionnelle et la structure génétique des populations seront étudiées à l’aide de méthodes classiques d’analyse exploratoire et bayésienne. La relation entre la structure du paysage et la structure génétique sera évaluée à l’aide d’approches corrélatives et de théorie des graphes.
Le stage comprend la collecte de données empiriques, l’analyse des données génétiques et paysagères, et la rédaction du rapport de stage.
Références bibliographiques :
[1] Plan National d’Action Escargot endémique de Corse
[2] Bouchet P., Ripken R. & Recorbet B., 1997. Redécouverte de l’escargot de Corse Helix ceratina au bord de l’extinction. Revue d’Ecologie (La Terre et la Vie), 52: 97-111.
[3] Charrier M., Chevalier L., Paradis G. & Recorbet B., 2005. Field observations on spatial distribution and diet in the terrestrial snail Tyrrhenaria ceratina, an endemic species from Corsica. Notiziario S.I.M., Supplemento al Bollettino Malacologico, 23 (5-8): 8.
[4] Cucherat X., 2019. Mission d’assistance pour le monitoring de l’hélix de corse (Helix ceratina). Arion.idé/CEL Corse. Gondecourt. 29 pp + 5 annexes.
[5]. Camus L., 2021. Intégration de la génétique dans la conservation et la gestion de l’escargot endémique de Corse Equipe de recherche Écologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés Tyrrehanaria ceratina. Rapport de stage de master 2 Ecologie Evolution Génomique, Univ. Clzude Bernard Lyon.
Compétences requises
Nous recherchons un(e) candidat(e) très motivé(e) et curieux(se).
Un intérêt marqué pour la biologie moléculaire, la génétique des populations, l’écologie du paysage, l’évolution et les biostatistiques est recommandé, ce qui signifie qu’une bonne formation dans ces domaines est souhaitée, mais pas obligatoire.
Ces compétences seront développées au cours du stage.
Conditions du stage
Structure de d’accueil : Le candidat recruté sera intégré à l’unité de recherche EDYSAN (Écologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés, UMR 7058 CNRS – UPJV), 33 rue Saint Leu, 80000 Amiens, France
Durée et date de stage : 6 mois à partir du 1er Février 2022 (date flexible)
Financement du stagiaire : Dotation DREAL de Corse (600 €/mois)
Candidatures
Date limite de candidature : 15 Janvier 2022
Référence de cette offre de stage INRAE : OE-101221-1
