Stage au sein du Bureau d’étude OCEA Consult’
Sujet du stage à Saint-Pierre, La Réunion
Contribution au développement d’un outil d’observation des flux de poissons et de crustacés amphihalins aux embouchures des rivières de La Réunion
Limite de candidature : 25/11/2022
Contexte du stage
Les îles tropicales et subtropicales de la région Indo-Pacifique (IP) abritent au sein de leurs rivières des assemblages de poissons et de macrocrustacés avec des cycles de vie particuliers. Ces espèces sont toutes diadromes et la grande majorité sont amphidromes : leur cycle de vie inclut une migration entre les eaux douces et marines (et/ou saumâtres) aux stades larvaire ou juvénile, en dehors de la période de reproduction (McDowall, 1998 ; Keith, 2003). Parmi ces espèces, les Gobiidae Sicydiinae regroupent plus d’une centaine d’espèces (Taillebois et al, 2014).
À La Réunion, deux espèces dominent les peuplements piscicoles : Cotyloppus acutipinnis (Guichenot, 1863) & Sicyopterus lagocephalus (Pallas, 1770), connues sous les appellations « cabot bouche ronde » aux stades adulte/juvénile et « bichiques » au stade post-larve. C. acutipinnis, endémique des Mascareignes, est moins abondante dans les assemblages d’eau douce et possède des capacités de dispersion plus restreintes que son espèce sœur S. lagocephalus, présente dans tout le bassin Indo-Pacifique (Hoareau, 2005 ; Keith et al., 2005, Lagarde et al, 2020 ; Borie et al, 2021).
Ces deux espèces sont confrontées à de nombreuses pressions d’origine anthropique altérant le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, tel que les ruptures de continuité écologique, la réduction de la ressource en eau, l’introduction d’espèces exotiques, mais également la pression de pêche. En effet, les bichiques font l’objet de pêcheries intensives sur l’île de La Réunion, on parle de « Goby-fry fisheries ». Ces pratiques remonteraient même à l’époque de l’esclavage (Delacroix, 1987 ; Thomas, 2017). Les bichiques sont pêchés dès leur recrutement en rivières à l’aide de vouves, mais également en mer à l’aide de filet à moustiquaire/toile. Auparavant les prises annuelles de bichiques pouvaient atteindre plusieurs tonnes (Aboussouan, 1969 ; Delacroix & Champeau, 1992), ce qui n’est plus du tout le cas de nos jours. La ressource diminue de plus en plus, notamment en raison de la surpêche et de l’optimisation des méthodes de capture, et très souvent du non-respect des réglementations par les usagers (braconnage).
Très récemment, à la suite de concertations avec les différents acteurs et gestionnaires, une nouvelle réglementation a été mise en place. Cette dernière, instaurée depuis le 1er janvier 2022 a pour objectif de permettre la conservation des deux espèces tout en assurant une durabilité des activités de pêches (arrêté préfectoral décembre 2021).
Le BichiCAM est un dispositif de suivi vidéo automatisé compact et mobile (non intrusif) initialement développé pour estimer l’abondance et la distribution de tailles des espèces diadromes benthiques au sein des cours d’eau (Boussarie et al. 2016). Cet outil a révélé un potentiel prometteur dans la surveillance des passes à poissons et dans la gestion des stocks des post-larves au niveau des embouchures, sous réserve de plusieurs améliorations. Dans le cadre du projet « Bichique la monté » de 2021, le dispositif non intrusif a été repensé et optimisé pour permettre le comptage des post-larves de bichiques, ainsi que l’obtention de données comparatives aux captures des pêcheurs sur le site de l’embouchure de la rivière du Mât (Borie et al., 2021).
Dans ce contexte, le projet « BichiCAM3 », issu d’un partenariat entre l’institut de Recherche et Développement (IRD), l’UMR BOREA (BIOPAC) et le bureau d’étude OCEA CONSULT, a débuté en octobre 2022 et sera conduit sur deux ans. Celui-ci a pour objectif d’optimiser et de standardiser l’utilisation du BichiCAM pour suivre les flux entrant au sein des rivières. Lors de la première année, des expérimentations seront menées afin d’élargir le panel d’espèces cibles (post-larves du genre Awaous, Eleotris, Glossogobius ; civelles ; crustacés). Des tests et calibrages seront effectués sur des rivières avec des conditions hydromorphologiques différentes afin d’établir une bonne relation entre la part d’individus comptée par le dispositif et le flux réel franchissant le cours d’eau.
Au cours de la seconde année, des tests grandeur nature sur plusieurs rivières pilotes (à intérêts et caractéristiques) seront par la suite menés, une fois les calibrages et optimisations réalisés.
Profil recherché
Niveau d’étude : Master 2 ou ingénieur.
Stages en césure acceptés.
Formation recommandée : Écologie aquatique ou science de l’eau, Environnement.
Compétences en hydrobiologie, continuité écologique, gestion des ressources halieutiques, analyses statistiques, outils de suivi de la faune aquatique.
Aptitudes au terrain.
Missions du stagiaire
Durant ce stage, l’étudiant sera amené à travailler sur le volet standardisation de l’outil BichiCAM, et plus particulièrement sur l’étude de la reproductibilité des observations en rivière.
Le bichiCAM est un dispositif d’estimation des flux entrant de post-larves qui se veut non intrusif.
Mais où placer ces boîtes à caméra dans un cours d’eau (sur la largeur/ la longueur) pour avoir une bonne représentativité ? Combien en placer ? Sur quel temps d’acquisition ?
Diverses expérimentations seront menées au niveau de l’embouchure de plusieurs cours d’eau de l’île avec conditions hydrologiques/granulométriques variées. Des schémas expérimentaux seront à explorer en présence/absence de pêcheries. Les acquisitions vidéo seront triées, traitées sous le logiciel Python (approche deap-learning), et des analyses statistiques seront menées, notamment sur le logiciel R.
En fonction de la charge de travail, le stagiaire pourra également participer à l’optimisation du système de reconnaissance (amélioration des modèles de référence).
Caractéristiques du stage
Durée : 6 mois, démarrage en février 2023.
Lieu du stage : Bureau d’étude OCEA Consult’, Ravine des Cabris Saint Pierre, La Réunion.
Gratification : Stage indemnisé selon la règlementation en vigueur.
Références bibliographiques :
- Aboussouan, A., 1969. Note sur les « bichiques » de l’île de La Réunion. Recordes de Travaille de Station Marine Endoume, pp. 25–31.
- Borie G., Faivre L. Randimbisoa H., Grondin H., Ponton D., Valade P., 2021, Projet « Bichique « la monté » : Mise en place d’une stratégie de suivi halieutique et environnemental de la pêcherie de bichiques de La Réunion. Projet réalisé par OCEA et l’IRD – UMR ENTROPIE avec le soutien financier de l’OFB dans le cadre de l’appel à projets “biodiversité outre-mer” paru en 2018. Rapport final.
- Boussarie, G., Teichert, N., Lagarde, R., & Ponton, D. (2016). BichiCAM, an Underwater Automated Video Tracking System for the Study of Migratory Dynamics of Benthic Diadromous Species in Streams: BichiCAM for Studying Fish
- Delacroix, P. (1987). Étude des « bichiques », juvéniles des Sicyopterus lagocephalus (Pallas), poissons Gobiidae migrateurs des rivières de la Réunion (Océan Indien): exploitation, répartition, biologie de la reproduction et de la croissance. Ph.D. Thesis, University of La Reunion.
- Delacroix, P., & Champeau, A. (1992). Ponte en eau douce de Sicyopterus lagocephalus (Pallas) poisson Gobiidae amphibionte des rivières de la Réunion. Hydroécologie Appliquée, 4, 49–63.
- Keith, P. (2003) Biology and ecology of amphidromous Gobiidae of the Indo-Pacific and the Caribbean regions. J Fish Biol 63:831847.
Modalités de candidature
Date limite de candidature : 25/11/2022
Référence de cette offre de stage écologie aquatique à La Réunion : OE-031122-1