Stage Oiseaux d’eau nicheurs des vallées de la Somme et de l’Avre H/F

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Le Département de la Somme recrute un(e) stagiaire

Département de la Somme recrutements

Stage Oiseaux d’eau nicheurs des vallées de la Somme et de l’Avre H/F
Limite de candidature : 23 octobre 2020

Sujet du stage Master 2 biodiversité : Oiseaux d’eau nicheurs des vallées de la Somme et de l’Avre : évaluation des disponibilités trophiques, régimes alimentaires et microbiotes intestinaux par métabarcoding, mise en relation avec la qualité des eaux

Contexte de la mission

Dans le cadre de la politique Départementale en faveur de la préservation, de la gestion et de la valorisation des sites naturels, et suite à la labellisation Ramsar des Marais et tourbières des vallées de la Somme et de L’Avre, le Département de la Somme est engagé dans des projets pilotes d’amélioration des connaissances.
Ainsi, le Département, en tant qu’organisme coordinateur de ce site, a décidé de soutenir un projet, en lien avec la recherche scientifique, visant à mieux comprendre la répartition et l’évolution des populations d’oiseaux d’eau sur ce périmètre.

Thématiques et objectifs de la mission

Thématiques :

  • Milieux naturels : connaissance, oiseaux d’eau, recherche, préservation, gestion, valorisation.
  • Outils : échantillonnage, biologie moléculaire, analyse bioinformatique.
  • Partenariats : Conservatoire d’Espaces Naturels des Hauts-de-France, Picardie Nature, Fédération des chasseurs de la Somme, Conservatoire Botanique National de Bailleul…

Objectifs :

L’étude réalisée a pour but de définir et d’améliorer les conditions d’accueil des oiseaux d’eau sur un site naturel constitué d’une mosaïque d’étangs et de marais de fort intérêt faunistique et floristique. La connaissance de l’écologie des oiseaux et en particulier de leur régime alimentaire et de leur état physiologique, dont le microbiote intestinal sera utilisé ici comme un indicateur, est un préalable pour guider les actions de gestion.

Missions du stagiaire

Missions principales :
Le stagiaire utilisera une méthode moléculaire alternative à partir d’échantillons de fèces pour l’analyse du régime alimentaire et du microbiote intestinal. Cette méthode permettra un échantillonnage intensif, non-invasif, la détection sensible et précise des taxons de proies et l’étude de la covariation du régime alimentaire avec le microbiote intestinal par détection simultanée. Un travail de terrain pour l’optimisation de l’échantillonnage des fèces sera nécessaire. Il permettra de déterminer la méthode à utiliser pour obtenir des excréments frais, d’espèce identifiée et d’individus différents. La méthode de biologie moléculaire qui sera utilisée est basée sur l’extraction et l’amplification par PCR de l’ADN des proies (invertébrés et plantes) et de l’ADN bactérien (pour le microbiote).
Les librairies ainsi constituées seront envoyées pour le séquençage haut débit. L’étude des disponibilités trophiques se fera en collaboration avec des chercheurs de l’Institut par analyse morphologique. Les données seront mises en relation avec les résultats d’analyse d’éléments traces métalliques (cadmium, plomb, mercure…) effectuée par spectrométrie de masse en collaboration avec la plateforme Alysée de l’Institut à partir de prélèvements d’eau que nous aurons réalisés. L’analyse bioinformatique des données se fera en utilisant des logiciels dédiés ainsi que le logiciel R pour l’analyse statistique.

Missions annexes :
En fonction de l’état d’avancement de son travail, le stagiaire participera à la présentation des résultats de ses études.

Profil recherché

Niveau : Master 2 écologie
Formation : Master en écologie, biodiversité, éco-toxicologie
compétences : Autonomie et esprit d’initiative
Grande rigueur expérimentale et méthodologique, prévoir une forte composante en analyse bioinformatique des données
Notions en ornithologie
Permis B

Conditions du stage sur oiseaux d’eau nicheurs 

Organisme d’embauche : Conseil Départemental de la Somme, Direction de l’Attractivité et du Développement des Territoires

Organisme d’accueil/lieu de stage : le stagiaire sera localisé au sein de l’équipe Écophysiologie évolutive, Institut d’écologie et des sciences environnementales de Paris (sur le campus P&M Curie).
Equipe Ecophysiologie Evolutive (EPE), Bât.34-44, 5e étage, 4 place Jussieu, 75005 PARIS.
Des déplacements dans la vallée de la Somme et sur Amiens seront à prévoir (frais de déplacements pris en charge).

Modalités d’encadrement et de suivi du stagiaire :
Maître de stage : l’encadrement scientifique sera assuré par une chercheuse au CNRS.
Equipe tutorale : l’encadrement technique du stagiaire sera assuré par un ingénieur co-responsable de la plateforme de biologie moléculaire (extraction ADN et PCR), ainsi que par un chargé de mission biodiversité de la Direction de l’attractivité et du développement des territoires du Conseil Départemental de la Somme. Des points réguliers sur l’avancement des productions attendues seront réalisés.

Stage de 6 mois au total en 2021, à partir de janvier, février ou mars et jusque juin, juillet, août. Le stagiaire pourra donc être amené à soutenir en septembre.
35 h hebdomadaires.
Gratification Master 2.

Constitution et date limite de dépôt des dossiers

Référence de cette offre de stage écologie dans la Somme : OE-290920-1
La date limite de dépôt des candidatures est fixée au vendredi 23 octobre 2020 à minuit.
Le dossier sera constitué d’un CV, d’une lettre de motivation, des relevés de notes de licence et de Master ainsi que de toute production en lien avec le sujet sur les oiseaux d’eau et qui pourrait indiquer des compétences ou aptitudes particulières pour le suivi du stage.
Les candidats enverront leur dossier de candidature par courriel aux deux adresses e-mail liées au bouton ci-dessous :

Clôture des candidatures : 23/10/2020

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